Kaedah penyimpanan sisa mengalami perubahan ketara sejak kilang asal dibina. Amalan pada tahun-tahun terdahulu adalah dengan mengepam lumpur sisa bauksit pada kepekatan larutan sebanyak 20% pepejal, ke dalam lagun atau kolam yang dibuat di kawasan buangan bekas lombong bauksit ataupun bekas lombong kuari. Dalam kes lain, pembendungan dibina daripada empangan ataupun tetambak, sementara ada juga yang mebina empangan daripada lembah sungai dan sisa bauksit didepositkan dalam kawasan penyimpanan sementara.[2]

Antara amalan umum dalam pengurusan lumpur sisa bauksit melibatkan pembebasan lumpur ke sungai, estuari, ataupun laut melalui saluran paip atau baj; dan contoh lain pula melibatkan lumpur dihantar mengunakan kapal ke lautan dan dilupuskan ke lautan dalam yang berkilometer jauhnya di luar pesisiran. Semua pelupusan di lautan, muara dan sungai sudah diberhentikan.[3] Sejak ruangan tempat penyimpanan sisa kian menurun dan kebimbangan berkenaan teknik penyimpanan basah meningkat, maka pada tahun 1980-an, teknik penyimpanan kering lebih digemari oleh industri.[4][5][6][7] Teknik ini memastikan lumpur sisa bauksit ditebalkan ke lumpur berkepadatan tinggi (48-55% pepejal dan lebih tinggi) yang kemudian akan didepositkan secara kaedah yang akan membantu sisa bauksit mengeras dan mengering.[8]

Salah satu kaedah penyimpanan sisa bauksit yang popular adalah melalui teknik penapisan dengan menghasilkan kek penapis sisa bauksit (kira-kira >30% pepejal). Kek sisa tapisan ini boleh dibasuh dan dibersihkan sama ada melalui air atau wap untuk mengurangkan kealkalian sisa sebelum diangkut dan dihantar untuk disimpan sebagai bahan separa kering.[9] Sisa bauksit yang dihasilkan melalui kaedah ini paling sesuai untuk digunakan semula dan dikitarkan kerana kehadiran alkali yang rendah, kos pengangkutan yang lebih murah dan mudah untuk dikendalikan dan diproses.